Linux操作系统
Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。支持PERL、PHP等语言。数据库使用MYSQL。稳定，是Linux虚拟主机的优势之一。
站点开设在Linux操作系统上，FTP根目录就是Web站点的根目录，就可以把文件直接上载到FTP根目录。
Windows操作系统
Windows提供了较大的灵活性，支持ASP、PERL等语言。程序设计多为ASP语言，较为简单，网站开发成本也较低。同时，此主机提供对EXCEL、ACCESS、SQLSERVER等数据库的支持，为数据存储提供了很大的便利。
Windows系列用户虚拟主机下设置了3个子目录，htdocs;WebLog;database。htdocs—存放用户站点页面，即您应将文件上传至此目录下；WebLog—目录是用户网站的访问日志，每天一个文件，是一个只读目录。当用户测试网站出现错误时可以下载log.gz文件参考其内容；database—是一个只读目录,可以存放Access数据库等文件。
总之 ，两个系统没有好坏之分，在选择时更多的还是看使用的环境和应用的功能，根据自己的网站情况进行合理的选择。
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